Tem uma história intrincada, a Igreja de Nossa Senhora da Conceição Velha.

Inicialmente designada Igreja da Conceição dos Freires, receberia mais tarde o nome de Conceição Velha. Destruída pelo Terramoto de 1755, acabaria por ser reedificada não no seu local original, mas no local da antiga Igreja da Misericórdia. Esta, um dos mais sumptuosos monumentos da cidade, havia sido inaugurada em 1534 foi também muito afetada pelo Terramoto, sobreviveram-lhe parte da fachada sul e a capela lateral do Espírito Santo.

Em 1768, depois da expulsão dos Jesuítas, o rei D. José, grão-mestre da Ordem de Cristo, decidiu a reedificação da Conceição Velha no local da antiga Igreja da Misericórdia, aproveitando os elementos sobreviventes.